蛋白純化，是一項既復雜又嚴謹?shù)墓ぷ鳎诒ＷC純度外，還要求保持其生物學活性。蛋白質(zhì)純化常見的方法有：親和層析法、離子交換層析法、疏水層析法、凝膠過濾層析法等。

　　蛋白質(zhì)純化方法之親和層析法，主要依靠蛋白質(zhì)與介質(zhì)配體間特異性的可逆結(jié)合作用進行分離。配體可直接與目標蛋白質(zhì)結(jié)合，也可以與蛋白質(zhì)共價結(jié)合的標簽結(jié)合。親和層析通常是一種最粗放的純化過程，一般在純化工藝的前期應(yīng)用。基于后續(xù)應(yīng)用的要求，可能只需要一步親和層析即可獲得純度合格的蛋白質(zhì)。

　　蛋白質(zhì)純化方法之離子交換層析法，主要基于其凈電荷的不同，通過蛋白質(zhì)與帶電荷的固定相之間的靜電作用力進行分離。IEX有以下兩類:（1）陰離子交換層析（固定相帶正電荷，與帶負電的蛋白質(zhì)相結(jié)合）；（2）陽離子交換層析（固定相帶負電，與帶正電的蛋白質(zhì)相結(jié)合）。離子交換層析常用于蛋白質(zhì)純化工藝中期。但是，對某些蛋白，在純化工藝的前期或后期采用該方法亦可獲得良好的分離效果。

　　蛋白質(zhì)純化方法之疏水層析法，主要是基于它們疏水性的不同。它常在蛋白質(zhì)純化工藝的中期使用。在HIC中，蛋白質(zhì)在高離子強度的緩沖液中與固定相結(jié)合，因此，無需更換緩沖液或者洗脫液即可在離子交換色譜之后直接應(yīng)用HIC。同樣，HIC也可以跟在通過用鹽類沉淀快速去除部分而非全部蛋白質(zhì)的硫酸銨沉淀步驟之后實施。HIC有時在純化工藝的前期使用，有時也作為最后一個步驟來去除目標蛋白中的微量雜質(zhì)。

　　蛋白質(zhì)純化方法之凝膠過濾層析法，是根據(jù)蛋白質(zhì)具有不同的水力學半徑將它們進行分離，該數(shù)據(jù)主要通過測量分子尺寸和形狀兩方面信息獲得。與上述其他層析過程不同的是，蛋白質(zhì)不與SEC的固定相相結(jié)合，而是依靠它們通過惰性固定相的速度不同來完成分離。